El Hospital Dr Moliner fue fundado en 1899 por el Dr. Francisco Moliner, catedrático de Patología y Clínica Médica de la Universidad de Valencia, bajo la protección de la reina Mª Cristina y de su hijo Alfonso XIII. El sanatorio de Porta Coeli nació como una institución de beneficencia, especializada en el tratamiento de enfermedades respiratorias, especialmente TBC, en las clases más humildes. Se inauguró el 15 de Julio de 1899 en las dependencias de la antigua Cartuja, con una capacidad de 46 camas.

El actual Hospital Dr. Moliner fue construido a finales de los años 30 del siglo pasado, con dependencia administrativa de la AISNA (Administración Institucional de la Sanidad Nacional), con objetivo asistencial de tratamiento de las Enfermedades del Tórax.

En 1987 el Hospital Dr Moliner fue adscrito al INSALUD (Instituto Nacional de la Salud).

El Decreto 122/1988, de 29 de julio, del Gobierno Valenciano, definió y estructuró la Asistencia Especializada en la Comunidad Valenciana, ordenando la atención especializada en Distritos Sanitarios. A partir de este Decreto, el Hospital Dr Moliner se integró en la red pública de los Hospitales del Servicio Valenciano de Salud (SVS) como Hospital con Servicios o Unidades de Asistencia a pacientes crónicos de Media y Larga Estancia.

Con el Decreto 174/1992, de 26 de octubre, del Gobierno Valenciano, se aprobó el Reglamento sobre Estructura, Organización y Funcionamiento de la Atención Especializada del SVS, y se profundizó en el modelo organizativo, creando los equipos de dirección de atención especializada. A partir de este Decreto, el Hospital Dr Moliner pasó a depender de la Dirección del Área 5.

En 1995, la Consellería de Sanitat i Consum, con la Orden de 30 de marzo, creó el Programa especial de Atención Sanitaria a Pacientes Ancianos, a Pacientes con enfermedades de Larga Evolución y a Pacientes en situación Terminal (PALET), del que formó parte nuestro centro y que fue el embrión de la actual Unidad de Cuidados Paliativos Oncológicos, que es Unidad de referencia de la Comunidad Valenciana.

Posteriormente, la Orden de 13 de octubre de 1997 de la Consellería de Sanitat definió los objetivos asistenciales, de gestión y la estructura de los hospitales de asistencia a crónicos y de larga estancia. Con esta norma se dio un importante impulso al desarrollo del programa PALET y se avanzó en la autonomía de su gestión.

La Ley de Ordenación Sanitaria de la Comunidad Valenciana, (ley 3/2003, de 6 de febrero, de la Generalitat), definió el modelo organizativo de la Sanidad y creó la Agencia Valenciana de Salud. Dicha entidad llevaba a cabo la gestión y administración del sistema valenciano de salud y de la prestación sanitaria. A partir de ese momento el Hospital Dr. Moliner pasó a formar parte de la Agencia Valenciana de Salud.

Desde octubre de 2013 la Agencia Valenciana de Salud se suprime, como medida de simplificación, pasando los trabajadores a depender directamente de la Consellería de Sanitat.